FUNDAMOR inició con el propósito de brindar apoyo y acompañamiento a población adulta afectada por el VIH/Sida.

Posteriormente inició su trabajo con población de niñas y niños que nacieron con el virus y que llevaron a la Fundación a reorientar sus servicios para dedicarse a la atención y protección de población infantil proveniente de todas las regiones de Colombia.